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Text File  |  1995-03-04  |  2.4 KB  |  45 lines
  1. ****************************************************************************
  2. * Nitrite reductases and sulfite reductase putative siroheme-binding sites *
  3. ****************************************************************************
  4.  
  5. Nitrite reductases (NiR) [1]  catalyze the reduction of nitrite into ammonium,
  6. the second step in  the assimilation of nitrate.   There are two types of NiR:
  7. the higher plant chloroplastic form of NiR (EC 1.7.7.1) is a monomeric protein
  8. that uses reduced ferredoxin as the electron donor; while fungal and bacterial
  9. NiR (EC 1.6.6.4) are  homodimeric proteins  that  uses NAD(P)H as the electron
  10. donor. Both forms of NiR contain a siroheme-Fe and iron-sulfur centers.
  11.  
  12. Sulfite reductase (NADPH) (EC 1.8.1.2) (SIR) [2]  is the bacterial enzyme that
  13. catalyzes the reduction of  sulfite to sulfide.  SIR  is  an oligomeric enzyme
  14. with a subunit  composition of alpha(8)-beta(4),  the  alpha  component  is  a
  15. flavoprotein, while the beta component is a siroheme, iron-sulfur protein.
  16.  
  17. Anaerobic sulfite  reductase (EC 1.8.1.-) (ASR) [3],  a  bacterial enzyme that
  18. catalyzes  the NADH-dependent   reduction  of  sulfite  to sulfide.  ASR is an
  19. oligomeric enzyme composed of three different subunits.  The C component (gene
  20. asrC) seems to be a siroheme, iron-sulfur protein.
  21.  
  22. These enzymes share  a region of sequence similarity in their C-terminal half;
  23. this  region which spans about 80 amino acids includes four conserved cysteine
  24. residues. Two of the Cys are grouped together  at the beginning of the domain,
  25. and the two  others  are grouped in the middle of the domain.  It is suggested
  26. that these cysteines are involved in the  binding of the siroheme group and/or
  27. the iron-sulfur center.
  28.  
  29. We have derived a signature  pattern from the region around the second cluster
  30. of cysteines.
  31.  
  32. -Consensus pattern: [STV]-G-C-x(3)-C-x(6)-[DE]-[LIVMF]-G-[LIVMF]
  33.                     [The two C's are putative siroheme binding residues]
  34. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  35. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  36. -Last update: December 1992 / Pattern and text revised.
  37.  
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